Viele Logos werden in Adobe Photoshop designt (aktuell CS6).
Das Dateiformat ist normalerweise *.png bzw. für Symbol *.ico
würde ich jetzt mal ganz frech intervenieren.
"Richtige" Logos von einer professionellen Firma werden als Vektor erstellt und normalerweise vorher mit Papier und Stift entworfen.
Und als Vektor-Programm kommt bei den meisten wahrscheinlich Adobe Illustrator zum Einsatz. Genutzt wird dann entweder das eps-Format oder das ai-Format direkt von Adobe.
Und was den Briefkopf betrifft, wirst du da wahrscheinlich irgendwann mal einen blanko-Briefkopf als Entwurf erstellen und diesen immer wieder verwenden und nicht jedesmal das Logo in Größe und Position verändern. Und dafür nutzt du dann am besten eine png, die du mit deinem Vektor-Programm exportierst in genau der Größe, wie du das Logo brauchst für den Briefkopf. Ein Logo hat ja im Normalfall wenige, flächige Farben und dann ist die png-Datei euch nicht sonderlich groß.
Warum png? Es versteht transparenzen und ist relativ klein bei einer guten Bildqualität. JPEG ist das falsche Format und Bitmap eine Notlösung.